O Semasa foi criado em 1969 a partir da modernização do antigo DAE (Departamento de Água e Esgoto) da Prefeitura de Santo André. A criação da autarquia ocorreu em 13 de novembro de 1969, através da Lei Municipal 3.300. Em 2019, completou 50 anos de serviços prestados em Santo André.
Naquela época, a criação do Semasa teve como objetivo fortalecer e instrumentalizar a administração municipal a partir de uma organização ágil e independente para executar as melhorias que a cidade necessitava. Ao ser criado, era denominado Serviço Municipal de Água e Saneamento de Santo André e administrava apenas os serviços de água e esgoto, como a distribuição de água para os imóveis da cidade, a coleta de esgoto, a construção de redes coletoras entre outros. Ao longo das décadas, a autarquia passou a incorporar outras atribuições e algumas deixaram de ser responsabilidade do Semasa, como água, esgoto e drenagem.
Em 1998 é promulgada a Lei 7.733/1998, que estabelece as diretrizes da Política Municipal de Gestão e Saneamento Ambiental. A partir dela é criado o Departamento de Gestão Ambiental do Semasa. No mesmo havia, já havia sido promulgada a Lei Municipal 7.732, alterando a denominação do Semasa para Serviço Municipal de Saneamento Ambiental de Santo André.
A autarquia passa então a executar os serviços relacionados à preservação e controle do ambiente de Santo André. Entre os serviços relacionados estão à fiscalização ambiental urbana e nas áreas de manancial, controle de emissão de poluentes, controle de emissão de ruídos de estabelecimentos comerciais, emissão de licenças ambientais e também a gestão da Unidade de Conservação do Parque Natural do Pedroso.
A Lei Municipal 7.840 transfere os serviços de gestão de resíduos sólidos para o Semasa em 1999. É criado então o Departamento de Resíduos Sólidos, responsável por administrar de forma integrada os serviços de coleta, tratamento e disposição final de resíduos sólidos.
Posteriormente, em 2001, a autarquia recebeu também os serviços da Defesa Civil. No entanto, a gestão dos riscos urbanos voltou a ser uma atribuição da Prefeitura de Santo André em 2017 e a Defesa Civil tornou-se ligada à Secretaria de Manutenção e Serviços Urbanos. Em setembro de 2019, a gestão dos serviços de água e esgoto passou a ser responsabilidade da Sabesp, companhia de saneamento do Estado de São Paulo, que assumiu a concessão destes serviços em razão de uma dívida contraída ao longo dos anos. Já em 2021, os serviços de drenagem retornaram à Prefeitura em um processo de readequação estrutural e financeira da autarquia.
A partir de então, o Semasa é a autarquia pública da cidade responsável pelos serviços de resíduos sólidos e gestão ambiental.
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